Det er forskjellige måter å søke etter spioner. En av disse kan være å søke gjennom hele registeret og hard disken for mistenksomme filer e.l. Dette kan ta lang tid.

Spybot-S&D drar fordel av at all spioner har ankret seg selv på flere steder i systemet for å bli aktiv. Det starter å søke på disse stedene, og følger opp informasjon samlet der for å ta hele spionen.